出現滲漏的原因是多方面的。導致漏水，首先是設計施工問題，一些屋頂綠化隔根防水層設計不合理，施工質量粗糙，節點處理不當。其次是材料問題，大量沒有耐根穿刺能力的傳統防水材料應用于屋頂綠化工程，個別耐根穿刺防水材料實際使用效果不佳。再次是建筑物本身的防水層質量問題導致漏水。
　　對此，正在擬定“種植屋面防水技術”國家標準的我國著名建筑防水專家葉林標先生提出，屋頂綠化必須要高度重視植物根系的穿刺作用,選擇專門的耐根穿刺防水材料，做好耐根穿刺防水層設計。還要仔細處理耐根穿刺防水層的施工細節。只要成功地處理好一頭（防水層收頭）二縫（防水材料接縫、變型縫），三口（排水口、檐口、出入口），四根（女兒墻根、煙囪根、管道根、設備根）的施工，就可以基本解決施工環節的漏水問題。此外，還要重視對建成后的防水層進行良好的維護和管理，保護其不受機械損壞，延長其使用壽命。